Costruito tra il 1583 e il 1627, fu occupato dai messinesi il 7 agosto 1674, durante la rivolta di Messina, nella quale si contrapposero le fazioni dei Merli e dei Malvizzi, e riconquistato da don Luigi Moncada, nobile fiumedinisano, con l'aiuto dei suoi compaesani e degli spagnoli.
Il 28 agosto 1718 fu presidiato da un distaccamento spagnolo con sette cannoni, che doveva difendere l'allora Marina di Roccalumera dalle navi savoiarde. Nel corso degli anni fu abbattuta la sua torre quadrata (maggio 1973), che portò alla luce numerose "quartare" murate nel sottoscala, e il baluardo lato Catania; fu restaurato nella sua parte centrale nel 1989 con trasformazione della via castello d'Alcontres in scalinata e con la costruzione di una fioriera oltre al rifacimento del balcone e dei mascheroni delle mensole. Nel 1999 fu iniziata all’interno dei suoi muri perimetrali la costruzione di un palazzo in cemento armato.
Sorse come cappella privata dei Principi d'Alcontres.
Francesco Romeo in un suo manoscritto del 12 ottobre 1942 scrive di ricordare lo stemma dei d'Alcontres sull'arco maggiore di essa e la tribuna esistente presso l'altare maggiore in diretta comunicazione con l'abitazione del principe. Fu eretta a cappellania curata con giurisdizione limitata e alle dipendenze dell’Arcipretura di Allume.
Danneggiata gravemente dal terremoto del 1908, fu riedificata dall’Arcivescovo di Messina Angelo Pajno.
Divenne parrocchia il 26 luglio 1921, mentre ancora era inagibile (i lavori di ricostruzione vennero infatti iniziati il 12 marzo 1925).
Eretta nel XVII secolo, dopo la formazione delle due Marine di Roccalumera e di Fiumedinisi, per il solo uso degli abitanti della Marina di Fiumedinisi; in essa sono custoditi un dipinto raffigurante S. Giovanni, realizzato dal pittore Giuseppe Bonsignore nel 1843, una statua di legno dello stesso Santo, una tavola raffigurante la Madonna con i SS. Pietro e Paolo datata 1587, una tela raffigurante il Cristo in Croce e un’altra raffigurante la Madonna, un fonte battesimale marmoreo sul cui basamento è scritto “Pietro Gambaroto, tesorero, 1720, una mezza epigrafe su lastra di marmo che fa riferimento alla marina di Fiumedinisi, appesa in sacrestia, la tomba della famiglia De Gregorio;
In essa ogni anno (24 giugno) si celebra la festa di S. Giovanni con la tradizionale fiera omonima del 22 giugno. Un’altra festa é quella dell’Immacolata che ricorre l’8 dicembre e che si conclude con la rappresentazione di "u Sciccareddu sarbaggiu" davanti alla chiesa. Questa festa viene riproposta con cadenza quinquennale (2002-2007-2012) ad agosto con la caratteristica passeggiata a mare. All’Immacolata è dedicato un canto dialettale
Sorse nel 1733 come cappella del convento dei frati Paolotti e grazie alla munificenza del Principe D'Alcontres (fino al terremoto del 1908 pare esistesse sulla porta della chiesa lo stemma dei D’Alcontres).
Nel 1866 con la legge n. 3036 dell'8 luglio anche la corporazione religiosa dei Paolotti venne soppressa, quindi il convento insieme alla chiesetta divenne proprietà dello stato italiano. Il comune di Nizza, che elesse a sede municipale proprio il convento, gestì la chiesa, la arredò e vi fece celebrare la messa da un religioso.
In ottemperanza ai Patti Lateranensi del 7 giugno 1929, essa ritornò di proprietà della Chiesa.
Essa, insieme alle chiese di S. Giuseppe e di Santa Maria Assunta, fu sotto la giurisdizione dell’Arcipretura di Allume, almeno fino al 26 luglio1921, data in cui la S. Giuseppe diventò parrocchia con giurisdizione su di essa e sulla chiesa S. Giovanni.
Nella chiesa S. Francesco, esposto sull’altare maggiore, si trovava un dipinto settecentesco del Santo (posteriormente porta la data del 2 febbraio 1794), che nel 1919 fu ceduto in custodia alla Sovrintendenza ai Beni Culturali di Messina, in quanto non era ben protetto in una chiesa adibita a ricovero di truppe e animali. Il quadro ancora oggi è conservato nel Museo di Messina. Nella chiesa oggi si trova un S. Francesco dipinto dal pittore Parmigiani.
Nella nicchia sopra l’architrave del portale esisteva un S. Francesco di pietra, coevo alla chiesa e trafugato nel febbraio 1986 dopo i lavori di restauro della stessa. Oggi è sostituito con un S. Francesco di argilla.
Sono introvabili altri due dipinti: una tela di metà Settecento raffigurante i SS. Pietro e Paolo e un’altra del 1814 dipinta da Nicolò Mazzagatti raffigurante il Cristo morto con la Maddalena che gli bacia la mano.
Eretta nel 1892 per volontà degli abitanti del quartiere Landro-Casapinta e grazie al loro contributo in denaro e al loro lavoro prestato gratuitamente, fu chiesa minore alle dipendenze dell'Arcipretura di Allume, fino alla sua erezione a parrocchia avvenuta il 25 marzo 1943.
Essendo poco capiente, essa fu abbandonata e sostituita con una più grande costruita nel terreno antistante (29 giugno 1957).
Questa però mostrò ben presto difetti di stabilità, per cui venne demolita e ricostruita e inaugurata nel luglio 1983.
opera dello scultore Giuseppe Ucchino
opera dello scultore Alfio Busà
opera dello scultore Enzo Florio